Después de retirarse, Basile dirigió varios equipos argentinos como
·Rosario Central,
·Racing Club, (con el cual ganó la Primera Super Copa en 1988)
· Huracan y
· Velez Sarfield,
·Nacional de Uruguay
·Atlético de Madrid de España
A comienzos de la década de los noventa, dirigió la Selección Argentina que ganó dos veces la Copa America (Chile 1991 y Ecuador 1993) y también una Copa FIFA Confederaciones (Arabia Saudita 1992)
Dato Importante: Luego del primer paso de Basile como DT de la Selección Mayor, la misma no volvio a ganar ningun titulo de elite.
La clasificación para el Mundial USA 1994 parecía fácil hasta que la Argentina perdió de local por 5 a 0 frente a la selección de Colombia, derrota que hizo qu
e los albicelestes debieran disputar una reclasificación ante el ganador del grupo de Oceanía. Después de ese partido, Diego Maradona volvió a jugar para afrontar los dos partidos decisivos contra Australia. En ese período logró una racha de 33 partidos sin perder; la marca más grande de partidos invictos alcanzada por la Selección Argentina en su historia. En aquella Copa Mundial disputada en los Estados Unidos, la Selección Argentina comandada por Basile no pasó de los octavos de final, después de haber sido eliminada por Rumania en aquella instancia, lo cual fue visto como un fracaso por la gente.
Luego Basile dirigió a San Lorenzo (arg.), America (mex.) y Colon de Santa Fe, clubes en los cuales no obtuvo buenos resultados.
En julio de 2005 asumió el puesto de director técnico de BOCA JUNIORSy solo un mes más tarde ganaron la
Recopa Sudamericana 2005 .
Obtuvo su primer título de Primera Division en el Apertura 2005 .
Cuatro días más tarde Boca ganó la Copa Sudamericana 2005
En mayo de 2006, el técnico logró llevar a Boca Jrs. a su título profesional número 22 de Argentina, consiguiendo el Torneo Clausura 2006
Basile obtuvo su último título como técnico de Boca Juniors el 14 de septiembre de 2006, al obtener la Recopa Sudamericana 2006. En la final Boca venció al Sao Pablo. Con este campeonato, Basile consiguió obtener los cinco campeonatos oficiales en los que fue el técnico del club. El 15 de septiembre fue sustituido por (no se nombra x mufa)
Fue director técnico de la Selección Argentina desde el mes de septiembre de 2006, reemplazando a Jose Pekerman, hasta el 16 de octubre de 2008, día en que se hizo pública su renuncia al cargo, después de la derrota con Chile (para las dueñas de la web hubo una cama hacia el tecnico comandada x un deforme), siendo la primera vez que este le gana a la Argentina por eliminatorias, siendo sustituido por Diego Maradona.
El miércoles 1º de julio de 2009 Alfio fue presentado oficialmente una vez más cómo entrenador de Boca Juniors, en lo que significa su vuelta al club después de 3 años.
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